PHD Position – INRA

Référence : 1481638500
Date limite pour postuler : 30/06/2017
Date de publication : 13/12/2016

CARACTÉRISTIQUES

Précision sur la nature du contrat : Contrat de thèse
Durée du contrat : 3 ans
Date de début de contrat : 01/10/2017

AFFECTATION

Nom de l’unité d’affectation : UR0546 BioSP – Biostatistique et Processus Spatiaux
Adresse de l’unité d’affectation : INRA Domaine Saint-Paul – Site Agroparc – 228, route de l’Aérodrome – CS40509 – 84914 AVIGNON CEDEX 9
Région de l’unite d’affectation : Provence-Alpes-Côte d’Azur

DESCRIPTIF

Les virus sont la cause d’épidémies à fort impact dans les pays développés et en voie de développement. Pour de tels pathogènes, inférer les liens de transmission au sein d’une population hôte permet de bâtir des modèles épidémiologiques et concevoir des stratégies de lutte. Dans cette optique, pour les pathogènes à évolution rapide, l’analyse statistique de données de séquençage du pathogène permet d’identifier les hôtes qui contiennent des variants du pathogène proches les uns des autres et donc d’inférer « qui a infecté qui ».
Cependant, les modèles existants ont principalement exploité une quantité limitée de données de séquençage, telles que les séquences consensus, alors que les méthodes de séquençage haut-débit peuvent fournir plus d’information en révélant le polymorphisme intra-hôte des populations de pathogènes. Le doctorant développera une approche de modélisation et de statistique qui exploitera les données de séquençage haut-débit pour inférer les liens de transmission de maladies infectieuses causées par des pathogènes à évolution rapide. Cette approche nécessitera de mobiliser plusieurs outils de la statistique et des mathématiques appliquées (estimateurs à noyaux, estimation de paramètres, sélection de modèles, algorithmes numériques, processus spatiaux de points, réduction de la dimension, analyse de données massives, modélisation des dynamiques virales) dont certains seront acquis au cours de la thèse.

Le doctorant travaillera au sein de l’unité de recherche BioSP, et dans le cadre du projet ANR SMITID qui regroupe une dizaine de scientifiques. BioSP mène des recherches en statistique et mathématiques autour de questions en écologie, épidémiologie et sciences du climat. BioSP est une unité de l’INRA, qui est l’un des plus importants instituts de recherche d’Europe (www.inra.fr). Pour les candidats actuellement en master 2, la thèse pourra être précédée d’un stage. Dans ce cas, les candidats doivent se manifester le plus rapidement possible (avant la période de stage).

Financement de la thèse : Projet SMITID (Méthodes Statistiques pour Inférer les Transmissions de Maladies Infectieuses à partir de Données de Séquençage Haut-Débit) financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) sur la période 2016-2021.

Formations et compétences attendues

Statistique (estimation de paramètres, statistique non-paramétrique, analyse de données), mathématique appliquée, ou tout autre cursus intégrant une formation solide en statistique et modélisation ; programmation sous R, Matlab ou logiciel équivalent, intérêt pour les questions d’épidémiologie, d’écologie ou de biologie évolutive, bon niveau en anglais, aisance dans le travail d’équipe.

Contact
samuel.soubeyrand@inra.fr; gael.thebaud@inra.fr

Voir l’annonce sur le site de l’INRA : http://jobs.inra.fr/offers/detail/215745