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SUMMARY:Réunion du projet Magnificent7
DESCRIPTION:Réunion annuel du projet INRAE “Magnificent7”. Modélisation d’Accompagnement pour une Gestion Nouvelle et Intégrée des Fongicides et herbicides: Innovation\, Conception collective et Exploration de Nouvelles Techniques. Nous proposons un cheminement visant à valoriser des recherches précédentes sous la forme de la conception d’un jeu pour la gestion territoriale des résistances aux fongicides et herbicides. Il s’agit de faire aboutir vers l’action le travail d’un collectif interdisciplinaire via d’une démarche de modélisation d’accompagnement de type ComMod Le jeu qui serait produit sera destinée à initier des apprentissages collectifs et une gestion collective multi-acteurs et à l’échelle du paysage\, des adventices et maladies fongiques dans les régions particulièrement confrontées aux résistances des bioagresseurs aux produits de protection des plantes. Ce cheminement s’articule en une combinaison d’actions : prestation d’un collaborateur appuyant notre équipe de recherche pour la conception du jeu et quelques missions de test de cet outil auprès de groupes d’agriculteurs et enfin retraites\, permettant de réunir le collectif interdisciplinaire de chercheurs ainsi que nos partenaires locaux pour réfléchir les modalités et attendus de ce jeu.
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SUMMARY:Réunion des réseaux MathNum
DESCRIPTION:Réunion des porteurs de réseaux MathNum- INRAE
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SUMMARY:Scientific retreat of the i3 lab
DESCRIPTION:The i3 lab general research aims at shedding light on the role of Tregs\, within a general “multidimensional immune balance”\, in the inflammatory/autoimmune diseases continuum (IADC) and to use this knowledge to improve diagnosis\, follow-up and treatment for these diseases. To adress this challenge\, the i3 lab developed a translational research approach based on assessing the complexity of the immune system using state-of-the art technologies together with innovative experiemental and computational modelling approaches. This event will be the ground for our future projects.
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SUMMARY:Réunion plénière du réseau E3GP3 et journée thématique
DESCRIPTION:Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes) regroupe des virologues\, bactériologistes\, mycologistes\, et nématologistes\, ainsi que des personnes travaillant sur les interactions plantes-pathogènes de différents organismes de recherche. L’objectif principal du réseau E3GP3 est de fédérer\, animer et coordonner les recherches de la communauté scientifique française travaillant sur la biologie évolutive des micro-organismes pathogènes de plantes\, et plus spécifiquement sur la démo-génétique de ces organismes dans les paysages agricoles et sylvicoles en adaptant les concepts de la biologie évolutive aux contextes de ces systèmes\, dans des milieux de niveaux d’anthropisation variables (agro-systèmes plus ou moins intensifs\, forêts\, milieux naturels). La complexité de ces systèmes est liée à l’imbrication de multiples échelles de temps\, d’espace et de processus évolutifs en interdépendance.\nLa réunion plénière du réseau est l’occasion de présentations orales et de discussions entre les membres
URL:https://iscpif.fr/evenements/reunion-pleniere-du-reseau-e3gp3-et-journee-thematique/?lang=en
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SUMMARY:Formation Gargantext
DESCRIPTION:https://www.gargantext.org/
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SUMMARY:Soutenance de thèse : Génomique des sérotypes de Salmonella Mbandaka\, et Typhimurium et son variant monophasique\, dans les secteurs alimentaires laitier et porcin.
DESCRIPTION:Soutenance de thèse de Madeleine DE SOUSA VIOLANTE – INRAE MaIAGE équipe StatInfOmics\nLa thématique de ma thèse s’inscrit dans le contexte du contrôle sanitaire des aliments \, en particulier la surveillance des bactéries pathogènes Salmonella Mbandaka\, Salmonella Typhimurium et son variant monophasique\, qui sont endémiques dans les secteurs alimentaires laitier et porcin. Les approches de séquençage du génome entier\, utilisé pour l’épidémiologie et la lutte contre ces pathogènes suscitent l’intérêt des filières alimentaires concernées.\nCe projet de recherche a été proposé afin de mettre au point une méthode d’analyse génomique (ADN) holistique et de meilleure résolution\, notamment en prenant en compte le génome variable des bactéries\, qui est très souvent exclu des analyses malgré son signal phylogénétique\, et à comprendre les schémas évolutifs de Salmonella (adaptations à son milieu\, développements de résistance aux médicaments chez l’humain). De plus\, je travaille également sur la comparaison génomique à l’échelle d’une espèce à des fins d’identification de marqueurs.  \nCes travaux lient la recherche méthodologique et appliquée\, avec le développement de méthodes innovante sur l’analyse de pangénome d’espèces bactérienne\, et de son application à des cas d’infections sanitaire\, humaine ou animale. \nLien d’inscription : https://forms.gle/KeCBShPSay9TU2cN8
URL:https://iscpif.fr/evenements/soutenance-de-these-genomique-des-serotypes-de-salmonella-mbandaka-et-typhimurium-et-son-variant-monophasique-dans-les-secteurs-alimentaires-laitier-et-porcin/?lang=en
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SUMMARY:Gloria Polaire - compagnie de théâtre amateur
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SUMMARY:Commission Spécialisée Développements Instrumentaux Innovants
DESCRIPTION:Réunion des membres de la Commission spécialisée Développement Instrumentaux innovants organisé par l’INSU-CNRS.
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SUMMARY:[INRAE/Work4Graph] Bootcamp Neo4J
DESCRIPTION:Nous proposons d’organiser un événement de type bootcamp/hackathon pendant 3 jours pour une vingtaine de participants maximum\, spécialisé sur la thématique de l’intégration et la visualisation de données en graphe\, en exploitant l’outillage autour de Neo4J et du RDF.\nNous appuierons davantage sur l’un ou l’autre des points ci-dessous selon les profils et motivations des participants qui s’inscriront à l’événement. Les objectifs principaux sont de :\n• partager les modélisations (génomiques\, systémiques\, …) afin de converger vers des pivots d’interopérabilité permettant de lier plus facilement les graphes produits dans les différents groupes\,\n• exploiter les résultats d’analyses statistiques produits par certains groupes\, pour intégrer les connaissances produites (au-delà des graphiques habituellement générés) avec les connaissances provenant d’autres graphes\,\n• partager et mettre en commun des portions de code permettant le traitement de fichiers de données biologiques et leur intégration sémantique\, en explorant notamment des outils d’intégration développés en externe (ie. dipper\, Data2Services\, …)\n• exploiter des outils d’analyses de graphes (ie. Neo4J Graph Data Sciences) afin d’inférer de nouvelles connaissances sur les graphes mis à disposition\,\n• développer des services d’interrogation et connecter des outils de visualisation (ie. Neo4J Browser\, Bloom\, …) sur les graphes générés\, en exploitant les API de Neo4J\,\n• exploiter et comparer les capacités de raisonnement des plateformes (par exemple extraction d’information ou création de relations ou typage)\, avec ou sans ontologie. \n  \nSite de la manifestation : https://work4graph.pages.mia.inra.fr/bootcamp-neo4j-2022/ \n 
URL:https://iscpif.fr/evenements/inrae-work4graph-bootcamp-neo4j/?lang=en
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SUMMARY:Conseil des partenaires
DESCRIPTION:Conseil des partenaires en présentiel et en visio
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SUMMARY:Réunion projet EVADE
DESCRIPTION:Réunion de projet pour la compréhension des systèmes complexes de la low tech
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SUMMARY:Entretiens de l'AFSCET : Catégorisation
DESCRIPTION:Entretiens de l’AFSCET sur le thème suivant :\nCatégorisation et IA\, vision du monde et action sur le monde. \nSite de la manifestation : http://afscet.asso.fr \n 
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SUMMARY:iReceptorPlus consortium: past and future
DESCRIPTION:iReceptor Plus consortium aimed to create a uniform and distributed system for data storage and analysis focused specifically on sequencing experiments of multimillion sequences of highly diverse and complex immune receptors expressed by B and T cells. Unlike other repositories of biological data already in existence (ELIXER\, IHEC etc.) the data being measured and stored for Adaptive Immune Receptor Repertoires sequencing data is in some sense quite simple. However\, because of the importance of B cells and T cells and their population diversity for health and disease the metadata surrounding these experiments can be quite diverse. We combined in this international consortium experts in data storage\, computational immunology\, clinical immunology and immunotherapy development. This transdiciplinary consortium based its work on various AIRR-seq data repositories which follow B cell and T cell populations found in Cancer\, Autoimmunity\, across multiple tissue types\, infection states and species. The associate metadata types are thus highly diverse\, including cell phenotype\, transcriptomics and clinical information\, and required a flexibility of characterization which calls for interaction with the existing ontological and metadata analysis attempts of the existing EU infrastructures (e.g.\, BBMRI-ERIC\, ELIXIR) and other on-going initiatives (e.g.\, International Consortium for Personalised Medicine\, European Open Science Cloud\, IHEC\, the french LabEx Transimmunom\, ….). This meeting marks the end of the first round and aims at envisionning the perspectives to foreseen funding and valorozation opportunities. \nSite de la manifestation : https://www.ireceptor-plus.com/ \n 
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SUMMARY:TRANSFeRMentation
DESCRIPTION:Atelier de rédaction sur un sujet collectif du département INRAE-TRANSFORM
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SUMMARY:DIGEING 2
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SUMMARY:Réunion du conseil de l'Infrastructure France LIfe Imaging
DESCRIPTION:L’infrastructure nationale en biologie santé France Life Imaging a été créé en 2012 pour coordonner les plateformes d’imagerie biomédicale pour la recherche. Cette infrastructure est distribuée sur tout le territoire national et est sous la tutelle de quatre grands organismes de recherche (CNRS\, INSERM\, INRIA\,CEA ) et de 12 Universités dont l’Université de Paris et Sorbonne Université.\nCe 9 décembre 2022\, l’infrastructure réunit son conseil consultatif.\nSite de la manifestation : http://www.francelifeimaging.fr
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SUMMARY:Atelier Viabilité
DESCRIPTION:Merci de remplir le questionnaire suivant : https://framaforms.org/atelier-viabilite-1-1658158671 si vous êtes intéressés. \n\nLe réseau Viabilité d’INRAE organise le mardi 13 décembre un atelier Viabilité à destination des modélisateurs. L’atelier sera ouvert à tous\, sur inscription\, dans la limite des places disponibles. \nObjectif\nL’atelier a pour but de permettre aux modélisateurs de poser leurs problèmes de gestion\, de transition\, d’optimisation\, dans les termes de la viabilité\, quand cela est possible. \nFonctionnement de l’atelier\nNous prévoyons des sessions en petits groupes autour de questions similaires. Le fonctionnement sera adapté en fonction des participants\, c’est pourquoi si vous êtes intéressés\, nous vous remercions de remplir le questionnaire suivant :\nhttps://framaforms.org/atelier-viabilite-1-1658158671 \nIntérêt de l’approche de la Viabilité\nLa théorie mathématique de la Viabilité (Aubin\, 1991) s’intéresse à la possibilité de maintenir ou de ramener un système dynamique dans un ensemble de contraintes au cours du temps. Quoique formellement semblable à un problème d’optimisation\, poser un problème de viabilité permet de ne pas se focaliser sur le choix de critères d’optimisation ou de scénario d’action prédéfini. La réflexion est décentrée sur la définition de zones de fonctionnement souhaitables et des actions possibles pour y parvenir. Ce formalisme est particulièrement bien adapté dans les domaines où le fonctionnement optimal est difficile à définir\, comme c’est souvent le cas le domaine de l’environnement ou pour les problèmes de gestion ou de développement durable. Dans ce formalisme il est possible d’étudier la compatibilité entre une dynamique et un ensemble de contraintes\, de façon intrinsèque\, sans avoir à arbitrer entre des considérations de court ou de long terme\, ni entre plusieurs critères. \nLangue\nL’atelier aura lieu en français. \nInscription\nUn lien pour l’inscription sera fourni ultérieurement sur la page du programme ici :\nhttps://hackmd.iscpif.fr/ZT9YS7rBSvG3Sk3l7KB23Q
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SUMMARY:Journée "Réseaux de capteurs\, phénotypage et modélisation" du Réseau Modélisation et Statistique en Santé des Animaux et des Plantes (ModStatSAP)
DESCRIPTION:L’objectif principal du réseau ModStatSAP est de fédérer les modélisateurs et statisticiens des départements SPE\, SA et Mathnum\, d’autres départements de l’INRAE et d’autres structures de recherche\, afin d’accroître la portée des recherches en modélisation\, mathématiques et statistique appliquées à l’étude des systèmes plantes / bioagresseurs et hôtes / pathogènes. Le réseau doit permettre d’accélérer la percolation des idées\, des approches\, des méthodes et des résultats dans le cercle des modélisateurs et statisticiens\, dans un cercle élargi au sein duquel figurent les épidémiologistes\, les dynamiciens et les généticiens des populations et entre santé animale et santé des plantes.  \nLe 14 décembre 2022 sera organisée une journée thématique ‘Réseaux de capteurs\, phénotypage et modélisation”. L’objectif de la journée sera de faire un tour d’horizon des actions en cours en épidémiologie végétale et animale faisant appel aux capteurs\, de discuter des problématiques méthodologiques nouvelles que posent ces nouveaux outils et les données qu’ils produisent et de dessiner quelques perspectives pour les recherches en épidémiologie\, notamment en lien avec les approches de modélisation. \nNous aurons le plaisir d’accueillir deux invités extérieurs : Bertrand Maury\, professeur associé à l’ENS – PSL\, spécialiste\, au Laboratoire de mathématiques d’Orsay (LMO)1 \, en modélisation mathématique et numérique de phénomènes complexes\, qui vont des écoulements de particules aux mouvements de foule ; et Paul Honeine\, professeur à l’université de Rouen Normandie\, membre du Laboratoire d’Informatique\, du Traitement de l’Information et des Systèmes et spécialiste de l’apprentissage machine pour les signal\, les images et les graphes.  \nLes autres présentations aborderons les thèmes suivants : suivi d’insectes par imagerie\, quantification et détection de maladies des plantes par imagerie\, réseaux de capteurs pour le suivi de biodiversité en vergers\, suivi par capteurs et modélisation pour la santé en élevage\, modèle de dispersion pour le positionnement de capteurs à phéromones. \nBien qu’organisé par INRAE\, cette journée est ouverte à toute personnes souhaitant y assister. \nEntrée libre sur inscription : Une page avec un questionnaire sera créée sur le site du réseau : https://reseau-modstatsap.mathnum.inrae.fr/accueil
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SUMMARY:Séminaire systèmes complexes
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SUMMARY:Soutenance de thèse de Victor Chomel
DESCRIPTION:Fake News et manipulation de l’information – Modélisation de la propagation des fausses informations et cartographie des réseaux sociaux \nCette thèse porte sur l’étude de la désinformation avec une approche structurelle et dynamique\, s’intéressant au contexte plus qu’aux contenus. L’objectif est de montrer comment l’analyse de la circulation de l’information ainsi que sa mise en relation avec les structures sociales permet la détection de comptes ayant des comportements anormaux sur les réseaux. Les études portent principalement sur trois datasets de Twitter\, collectés au cours des dernières années : réchauffement climatique\, politique française et vaccination. \nLa première partie s’intéresse aux dynamiques communautaires. On distingue ainsi la dynamique\nintracommunautaire\, étudiée grâce à une nouvelle méthode reposant sur des chaı̂nes de Markov\, d’une dynamique intercommunautaire vue par le prisme de schémas alluviaux. L’évolution temporelle générale du graphe est également approchée par Deep Learning avec des Temporal Graph Networks afin de détecter des anomalies mais aussi pour comprendre des déformations plus générales du réseau telles que la polarisation. Cette analyse permet de mettre en avant le rôle joué par les communautés et par certains utilisateurs dans la propagation de l’information. \nDans un second temps\, l’objectif est de comprendre comment cette propagation de l’information peut être utilisée dans un but de mise à l’agenda\, politique par exemple. Plusieurs niveaux de mise à l’agenda seront ici testés avec des méthodes basées sur des corrélations dans des séries temporelles d’activités. Un autre méthode est également étudiée avec pour objectif de quantifier dans quelle mesure des sujets comme le Covid peuvent être de bons indicateurs pour comprendre la reconfiguration politique\, en s’appuyant sur la prédiction de liens dans les graphes. \nFinalement\, les méthodes précédentes sont utilisées pour mettre en avant des campagnes de désinformation ainsi que leurs conséquences. L’importance du médium est également interrogée dans la mise à l’agenda avec des travaux sur les images et vidéos dans la campagne présidentielle française de 2022. \n  \nBeyond Fake News: a structural and dynamic approach towards analyzing\nonline misinformation and manipulation of public opinion \nIn recent years\, misinformation and its consequences have become a\nsocietal concern. In our work\, we treat misinformation with a structural\nand dynamic approach which focuses on context rather than on content.\nOur contributions consist of tools relying on network information flow\nand its relation to social structures to inform the detection of\nanomalous user accounts. Our methods are validated on contemporary\nonline data\, namely three Twitter datasets collected over the last few\nyears regarding discourse on global warming\, French politics\, and\nvaccination. \nWe first focus on community dynamics. A distinction is made between\nintra-community dynamics\, studied using a novel method based on Markov\nchains\, and inter-community dynamics analyzed via alluvial patterns that\nreveal online communities. The general temporal evolution of a social\ngraph is also modeled by Deep Learning with Temporal Graph Networks.\nThese are augmented with a novel reliability module in order to detect\ngraph anomalies and thus online coordination. This modeling permits a\ndeeper understanding of general social network evolution\, and especially\nthe rise of political polarization. Our analysis highlights the role\nplayed by communities and individual users in information propagation\,\nboth exhibiting characteristic patterns. \nWe evaluate the impact of misinformation by examining agenda-setting and\nnetwork reconfiguration. We analyze how information propagation is\nre-purposed for agenda-setting\, and especially in political\nagenda-setting. We describe several levels of agenda-setting with\ntechniques based on time-series correlations of activity\, inspired from\nexisting methods in neurology. We have developed another method based on\nlink prediction in graphs to quantify the extent to which topics such as\nCOVID-19 predict political reconfiguration. \nThe above methods are used to highlight real disinformation campaigns\nand their consequences. We (1) demonstrate that user networks in\npolitics and climate have engaged in so-called Coordinated Inauthentic\nBehaviors; (2) analyze the role of medium\, e.g. text vs. images and\nvideos\, in agenda-setting; and (3) illustrate this using data from the\n2022 French presidential campaign and from the climate change\ncontroversy in order to shed light on online strategies.
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SUMMARY:Gargantext
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SUMMARY:Formation Gargantext
DESCRIPTION:Formation à GarganText en hybride : \n\nà l ‘ISC-PIF\, 113 rue Nationale\, 75013 Paris\, 1er étage\nà distance (lien zoom envoyé aux inscrits)\n\nRequis : venez avec un ordinateur portable ou éventuellement une tablette (mais l’écran sera un peu petit et certaines actions ne sont pas encore compatibles). \nFormateurs : Alexandre Delanoë et David Chavalarias \n 
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SUMMARY:Séance de travail Quentin Lobbé\, Fabrizio Li Vigni & Léo Trocmé-Nadal
DESCRIPTION:Séance de travail autour des phylomémies
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SUMMARY:Unification des systèmes de représentation du nombre et représentation logarithmique : l’exemple du Mundurucu
DESCRIPTION:Unification des systèmes de représentation du nombre et représentation logarithmique : l’exemple du Mundurucu \n  \nAlberto Tonda\, UMR 518 MIA-PS\, INRAE\, Université Paris-Saclay\nPierre Pica\, Institut du Cerveau\, UFRN\, Natal & Institut des Systèmes Complexes\, Paris \n  \nLe système numérique du Mundurucu qui n’a de nombre que jusqu’à 4 ou 5 a fait l’objet d’études intensives mettant en jeu l’interaction du système approximatif (ANS) (Pica & al (2004)) avec au moins un autre système de représentation du nombre (Feigenson & al (2004)). \nRéexaminant le résultat de ces travaux à la lumière d’une étude de l’expression de la quantité en Mundurucu\, nous montrons que ces deux systèmes peuvent être unifiés et que l’absence de nombre au-dessus de 3-4 en Mundurucu peut être dérivée de propriétés générales (et universelles) liées à la représentation logarithmique du nombre et de la quantité dans l’esprit/cerveau (Dehaene & al (2008)\, (Whalen & al (2016)). \nNous soulignons en guise de conclusions que ce type de représentation est très général (Pica & al (2018a)\, (2018b)) et présentons les avantages de notre analyse pour l’étude des espaces conceptuels dans le cadre de la psychologie mathématique et des sciences cognitives.
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SUMMARY:Groupe de travail "Modélisation Quantique" ; intervention de Pablo Arrighi (Université Paris-Saclay)
DESCRIPTION:Groupe de travail régulier qui explore les diverses facettes des modèles quantiques. \nLien d’inscription : francois.dubois@universite-paris-saclay.fr \nSite de la manifestation : https://www.afscet.asso.fr/modelisation-quantique/model-quantic.html
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SUMMARY:Test consortium METIS
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SUMMARY:Réunion
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SUMMARY:Assemblée générale de l'AFSCET
DESCRIPTION:Conseil d’administration\, suivi de l’assemblée générale annuelle\, ouverte\naux membres de l’association ayant réglé leur cotisation annuelle. \nLien d’inscription : fhdubois@gmx.fr \nSite de la manifestation : https://www.afscet.asso.fr/
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