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SUMMARY:Matinée de réflexion interdisciplinaire à l’ISCC
DESCRIPTION:Le pôle MIT (Modélisation des Interactions Temporelles) de l’ISCC vous invite à une matinée de réflexion interdisciplinaire le 16 novembre\, autour de deux exposés : \nEmmanuel Lazega\, Institut d’Etudes Politiques de Paris\n“Mobilités\, turnover relationnel et coûts de synchronisation : comprendre l’action collective par la dynamique des réseaux multiniveaux”\nAu cours des deux dernières décennies\, la sociologie néo-structurale a développé une théorie de l’action collective basée sur l’observation et la modélisation des processus sociaux génériques (solidarités et exclusions\, apprentissages et socialisations\, régulation et institutionnalisation\, contrôle social et résolution de conflits) qui aident les membres des collectifs organisés à gérer les dilemmes de leur action commune. Cette approche a laissé ouverte la question des déterminants macrosociaux de ces formes de coordination et de discipline sociale que les membres considèrent comme légitimes. \nDans cette présentation théorique nous abordons la question de ces déterminants en théorisant les mécanismes de co-constitution des niveaux macro et méso. Nous proposons ici de partir des phénomènes de mobilité et de *turnover* relationnel comme analyseurs de l’articulation ou de la co-évolution entre stratification et organisation\, entre positions et processus\, pour aboutir à une approche sociologique des coûts sociaux associés à chaque forme d’action collective. Nous appelons ces coûts sociaux\, pour rester cohérents avec ce point de départ marqué par la temporalité\, des « coûts de synchronisation » entre dynamiques propres aux niveaux d’action collective superposés qui se co-constituent en co-évoluant. Cette approche est associée de près aux récents travaux sur l’analyse dynamique des réseaux multi-niveaux\, *i.e.* des systèmes articulant des niveaux d’action collective distincts et superposés\, qui permettent d’envisager des mesures de ces coûts de synchronisation et les inégalités de leur distribution\, notamment en identifiant et en reconnaissant l’importance des infrastructures relationnelles de niveaux intermédiaires\, entre réseaux interpersonnels et réseaux inter-organisationnels\, qui sont transformées en organisations formelles par les acteurs sociaux en quête de pouvoir et d’« outils ayant une vie propre » (Philip Selznick). \nRobin Lamarche-Perrin\, ISC-PIF\n“Le cube géomédiatique : analyse spatio-temporelle et multi-échelle de l’actualité internationale”\nLe cube géomédiatique formalise trois dimensions essentielles de l’actualité : son organisation spatiale\, sa dynamique et l’ensemble des médias responsables de sa diffusion. La distribution des nouvelles d’actualité au sein de cet espace tridimensionnel informe donc sur la structure géographique et politique de la sphère médiatique. \nÀ partir d’un corpus de 300 000 articles d’actualité internationale\, nous nous intéressons à l’étude des irrégularités spatiales et temporelles dans la couverture médiatique d’une trentaine de quotidiens en ligne. Cette présentation se concentre sur les aspects méthodologiques de nos travaux. Comment\, par des opérations simples et génériques sur le cube géomédiaque\, peut-on mettre en évidence les particularités de traitement de certains pays\, par certains journaux\, à certaines dates ? Comment aborder ces irrégularités à différentes échelles spatiales\, temporelles et médiatiques ? Comment engendrer enfin des représentations multi-échelles qui ont un sens pour la géographie\, les sciences politiques et la sociologie des médias ? \nL’approche formelle que nous proposons s’appuie en grande partie sur des concepts d’informatique théorique tels que la théorie de l’information et l’optimisation combinatoire pour extraire de données structurées des motifs d’analyse pertinents à différentes échelles\, selon les trois dimensions du cube. \nLe pôle MIT de l’ISCC : http://www.iscc.cnrs.fr/spip.php?article2066\nLieu : ISCC\, 20 rue Berbier-du-Mets\, 75013 Paris Métro 7 ou bus 27\, 47\, 83\, 91\, « Les Gobelins »\nHoraires : 9h30 – 12h30\nEntrée libre dans la limite des places disponibles.\nPas d’inscription nécessaire. \nLes organisateurs\, Matthieu Latapy et Francesca Musiani.
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SUMMARY:Formation JEDI - R
DESCRIPTION:Tout faire avec R! \nR monte en puissance depuis une dizaine d’années : ce langage disposait d’une trentaine de packages (bibliothèques de fonctions) au début des années 2000 :  il y en a aujourd’hui plus de 6000. R permet aujourd’hui de faire des analyses statistiques\, de la manipulation de bases de données\, de l’analyse de graphe\, de l’analyse textuelle\, de l’analyse spatiale\, etc. \nL’objectif de cette formation est de montrer comment des traitements très divers (classifications\, graphes\, cartographie) peuvent être effectués au sein d’un même flux de travail\, sans passer par une batterie de logiciels différents avec son lot d’importation-exportation dans des formats de fichier spécifiques. Nous travaillerons principalement sur la manipulation efficace des méthodes et des structures de données. Cette formation s’adresse à un public qui a une expérience de programmation\, quel que soit le langage\, et qui a des rudiments de statistiques et d’analyse de graphe. \nPré requis: rudiments de programmation (quel que soit le langage)\, rudiments de statistique\, rudiments d’analyse de graphes. \nVeuillez sélectionner un formulaire valide
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LOCATION:ISC-PIF\, 113 rue Nationale\, Paris\, Paris\, 75013\, France
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SUMMARY:Forum du CNRS 2016
DESCRIPTION:Le CNRS vous donne rendez-vous le 19 novembre 2016 à la Cité des échanges de Marcq-en-Baroeul pour un moment privilégié d’échanges et de débats. \n\nLes chercheurs présents vous raconteront les grandes découvertes de l’année telles que les ondes gravitationnelles ou Bruniquel\, la plus ancienne grotte habitée du monde ; échangeront avec vous sur les applications de demain grâce aux microalgues\, à l’impression 3D ou aux nouvelles technologies pour la santé ; et débattront avec vous sur des grandes problématiques comme l’épigénétique ou les origines de la vie. \nDavid Chavalarias\, directeur de l’Institut des Systèmes Complexes de Paris Ile-de-France\, \nNe ratez pas ce rendez-vous exceptionnel\, agrémenté de démonstrations de plusieurs laboratoires de la région Hauts-de-France. \nEvénement libre sur inscription.
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LOCATION:Cité des échanges de Marcq-en-Baroeul\, 40 Rue Eugène Jacquet\, Marcq-en-Barœul\, 59700\, France
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SUMMARY:COMMISCO’2016
DESCRIPTION:Colloque de Modélisation Mathématique et Informatique des Systèmes Complexes \nDélégation régionale Ile-de-France de l’IRD\n\nConférenciers invités: \n\nMarc Bui\, CHArt\nYann Chevaleyre\, LIPN\nPatrick Giraudoux\, Chrono-environnement\nChristophe Lang\, Femto-ST\nFabien Michel\, LIRMM\nMaurice Tchuenté\, UMMISCO\navec la participation des doctorants du PDI-\n\n\n\nA propos de l’événement\n\n\nDepuis 2010 le Campus IRD de Bondy ouvre ses portes à la communauté des sciences de la complexité avec la conférence CoMMISCo. CoMMISCo est un moment de partage et de convivialité\, un formidable lieu de rencontre entre chercheurs du Nord\, du Sud et des doctorants du Programme Doctoral International “Modélisation de Systèmes complexes” (PDI MSC) créée par Université Paris 6 UPMC avec l’IRD. \nParce que la complexité est une question de fond qui intéresse un large public\, la conférence est ouverte et gratuite à toute personne désireuse de mieux comprendre la spécificité des approches de modélisation des systèmes complexes. \nAu cours de ces 3 jours\, les 20 doctorants issus des 12 pays du programme doctoral et les 8 conférenciers présenteront des questions de recherches\, multidisciplinaires sur des sujets sensibles (environnement\, écologie\, biologie\, sciences économiques sociales\, etc.) \nConférence au fil de l’eau\nLe mercredi 23 novembre\, nous organisons une conférence “Au fil de l’eau”\, sur le canal de St Martin\, entre le Bassin de la Villette et Jussieu. \nLors de cette conférence fluviale\, présentations et posters seront agrémentés d’un pique-nique offert aux inscrits. Le nombre de places étant limité\, une inscription dans les meilleurs délais est fortement recommandée. \nMerci de bien vouloir nous l’indiquer en remplissant le formulaire d’inscription \nVous pouvez nous contacter par e-mail à l’adresse : commisco@googlegroups.com. \n\nInscriptions\n\n\nInscription gratuite\, mais le nombre de places est limité ! \nMerci de bien vouloir vous inscrire en remplissant le formulaire : https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfdGzXLhXL4s-edZeR1shn-4a-Df4LI2kdEvU7Q4TPoiaPTbg/viewform
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SUMMARY:« Big Data » en biologie et médecine : nouveaux outils\, nouveaux concepts ?
DESCRIPTION:Durant les mois de novembre et décembre 2016\, le labex TransferS et Michel Morange (République des Savoirs) accueillent Béatrice DESVERGNE\, professeur à la Faculté de Biologie et de Médecine de Université de Lausanne (Suisse). \n« Big Data » en biologie et médecine : nouveaux outils\, nouveaux concepts ? \nCes dix dernières années a vu l’émergence d’une nouvelle approche en biologie\, appelée biologie des systèmes\, qui s’appuie sur l’acquisition de données aussi exhaustives que possible concernant le système à l’étude. Ces données sont d’ordre génétique (ex : séquence du génome)\, moléculaires (ex : niveau d’expression de tous les gènes)\, phénotypiques (ex : pression artérielle\, poids\, mesures issues d’objets connectés)\, et aussi d’ordre qualitatif tel que des images ou radios. Une interprétation appropriée de l’ensemble massif de ces données –d’où le nom « Big Data »\, devenu très médiatisé\, ou mégadonnées– serait la porte ouverte à une compréhension intégrative des phénomènes du vivant\, tant physiologiques que pathologiques. De ce fait\, autant en biologie fondamentale qu’en médecine\, dans le cadre de la médecine dite personnalisée\, cette approche suscite d’énormes attentes\, alors même que de nombreux défis restent à adresser. L’enjeu est non seulement scientifique\, mais aussi sociétal\, économique\, et politique. \nLes quatre séminaires proposés dans le cadre de la mission de professeur invité vont permettre de retracer les développements récents de la recherche en biologie\, depuis les fondements\, les succès et les limites de la biologie moléculaire à la transformation actuelle des concepts en biologie provoquée par les « Big Data »\, pour finalement se poser la question\, dans ce contexte\, des réalités et promesses de la médecine personnalisée. \nProgramme des séminaires\nMercredi 16 novembre\, 13h30-15h30\, ENS – Salle de colloque Centre Cavaillès (29 rue d’Ulm – 3e étage)\nLa démarche scientifique en biologie moléculaire : puissance et limites\nDiscussion sur le type de questions posées par les biologistes moléculaires\, les outils utilisés\, et les réponses obtenues avec leurs limites. \nMercredi 23 novembre\, 13h30-15h30\, ENS – Salle de colloque Centre Cavaillès (29 rue d’Ulm – 3e étage)\nL’avènement des « Big Data » en Biologie et Médecine : un changement de paradigme ?\nDiscussion sur la nature des Big Data\, sur leur utilisation aujourd’hui en recherche en biologie et médecine\, sur les défis connus et ceux qui émergent\, mise en parallèle avec les Big Data en économie\, en lettre\, en physique. \nMardi 6 décembre\, 13h30-15h30\, ENS – Salle de colloque Centre Cavaillès (29 rue d’Ulm – 3e étage)\nModèles et Modellingen biologie et médecine à l’ère des Big Data\nDiscussion sur les concepts qui sous-tendent la notion de modèles\, les différentes approches de modelling\, les propriétés des modèles explicatifs proposés à l’issue d’une recherche spécifique\, des modèles descriptifs et des modèles prédictifs. \nMardi 13 décembre\, 13h30-15h30\, ENS – Salle à déterminer\nBig Data et médecine personnalisée : réalités\, promesses… et leurre ?\nDiscussion revenant plus spécifiquement sur l’intrication « Big Data »\, complexité\, et médecine personnalisée. Lien avec le développement de la modélisation\, entre réalités\, promesses et leurre. \n\nBéatrice Desvergne was trained as a MD and specialized in Anesthesiology and Resuscitation. Along practicing medicine\, she carried out research in experimental biology in ISNERM Rennes. After a post-doctoral stay from 1988 to 1992 at NIH in Bethesda\, she was appointed as assistant professor at the University of Lausanne\, and further promoted as associate and now full professor at the Center for Integrative Genomics. In addition to her teaching and research activities\, she has been the Dean of the Faculty of Biology and Medicine from 2012 to 2015. Her research activities focus on questions and models on the nuclear receptor family of transcription factors -more particularly on Peroxisome Proliferator Activated Receptors (PPARs)\, which play a major role in metabolic homeostasis. The major hallmark of her work is the combination of in-depth molecular approaches and complex phenotypic evaluation of mouse models\, aiming at elaborating integrative views. In parallel to experiment-oriented questions\, the systemic approaches she is using lead her to develop a major interest in how giving sense to the wealth of data generated in the field of metabolism by the « omics » approaches\, in biology as well as in medicine. Her broad interest in interdisciplinary sciences made her an important actor in organizing teaching around sciences\, techniques\, and society for medical and biology students at the university of Lausanne.
URL:https://iscpif.fr/evenements/big-data-en-biologie-et-medecine-nouveaux-outils-nouveaux-concepts/
LOCATION:ENS\, 29 rue d’Ulm\, Paris\, 75005\, France
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SUMMARY:Formation JEDI – OpenMole
DESCRIPTION:Modéliser autrement avec OpenMOLE. \nAujourd’hui\, le modélisateur construit des codes de calcul toujours plus complexes mettant en jeu de nombreux paramètres\, traitant des jeux de données toujours plus importants. La compréhension par les chercheurs du comportement de leurs propres modèles est devenu ardue\, le traitement des données sur des machines personnelles : impossible. C’est à ce\ndouble défi que s’attaque OpenMOLE\, plateforme numérique proposant des\nméthodes de haut niveau appliquées directement sur les codes des modélisateurs et qui sont distribuées à grande échelle de manière transparente sur n’importe quel type d’infrastructure. \nCette formation permet de prendre en main la plateforme\, de construire des workflows simples et de déléguer le calcul sur des environnements de calcul haute performance. \nVeuillez sélectionner un formulaire valide
URL:https://iscpif.fr/evenements/formation-jedi-openmole/
LOCATION:ISC-PIF\, 113 rue Nationale\, Paris\, Paris\, 75013\, France
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SUMMARY:Systèmes complexes en sciences sociales
DESCRIPTION:Henri Berestycki\, directeur d’études de l’EHESS (TH) ( CAMS )\n\n\n\nJean-Pierre Nadal\, directeur d’études de l’EHESS\, directeur de recherche au CNRS (TH) ( CAMS )\n\n\n\n2e et 4e vendredis du mois de 15 h à 17 h (salle 1\, 105 bd Raspail 75006 Paris)\, du 25 novembre 2016 au 9 juin 2017 \n\n\nDe nombreux phénomènes socio-économiques résultent d’effets de groupes\, de phénomènes de diffusion et de contagion sociale : leur compréhension théorique repose sur une modélisation des interactions sociales. \nDans le cadre général de l’étude des « systèmes complexes »\, des travaux récents sur la modélisation des interactions sociales se développent à l’interface entre la théorie microéconomique standard\, où l’interaction se fait via le système des prix\, la théorie des jeux\, qui modélise les interactions de nature stratégiques\, et la physique statistique qui donne des outils pour décrire un comportement collectif à partir d’une description des comportements individuels. \nL’objectif de ce séminaire est de présenter des travaux récents\, leurs fondements méthodologiques et outils théoriques\, et d’explorer de nouvelles pistes de recherche dans ce domaine\, notamment celles qui s’appuient sur l’analyse de grandes bases de données. On privilégiera les approches prenant en compte l’hétérogénéité des préférences et comportements individuels\, et la spatialité des interactions (prise en compte de la structure du réseau d’interaction). Les outils que nous rencontrerons seront-ils souvent ceux de la physique statistique des systèmes désordonnés\, des équations aux dérivées partielles (EDP) en milieu hétérogène\, de la théorie des jeux\, ainsi que ceux de la simulation numérique dite « multi-agents ». \n25 novembre 2016 : Amine Ouazad (École Polytechnique) et Romain Rancière (FMI)\, « Modélisation des villes et de leurs dynamiques en économie urbaine: Récents développements »\nL’économie théorique et empirique a bénéficié du développement des microdonnées géocodées de transactions immobilières\, de démographie des logements\, de l’évolution des revenus\, criminalité et statistique scolaires à l’échelle de métropoles entières. Nous pouvons désormais produire des prédictions raisonnables de l’évolution de quartiers à partir de modèles de choix de localisations de quartiers. Ces modèles permettent de comprendre les niveaux élevés de ségrégation entre quartiers\, pourquoi la qualité des écoles est capitalisée dans les prix du logement\, et permet de simuler l’impact des transports sur les choix de localisation. \n9 décembre 2016 : Laura Hernandez et Annick Vignes \n13 janvier 2017 : Roberto Casati \n27 janvier 2017 : David Chavalarias
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LOCATION:École des Hautes Études en Sciences Sociales\,  105 Bd Raspail\, 75006\, France
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SUMMARY:Colloque "Modélisation de systèmes immunitaire"
DESCRIPTION:Le réseau ImmunoComplexiT dédié à la compréhension de la complexité du système immunitaire organise un colloque sur le thème  « modélisation de systèmes immunitaires » le 29 Novembre à la Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie\, 105 boulevard de l’Hôpital\, 75013 Paris. \nLe colloque a lieu au bâtiment 105\, 6e étage\, (monte-charge à gauche)\, en salle FMC. \nTéléchargez ici le programme et les résumés du colloque. \n\nInscription au colloque\nVeuillez sélectionner un formulaire valide\n\nProgramme\n\n\n\n\n9h00-9h30\nProblématique de la modélisation de systèmes immunitaires complexes\nVéronique Thomas­Vaslin (Immunologie\, Immunopathologie\, Immunothérapie­-Paris) \n9h30-10h00\nDynamiques mutationnelles des séquences d’immunoglobulines\nAnne Jeannin ­Girardon (UNISTRA\, Strasbourg)\n \n10h00-10h30\nAgent Based Abstract Model of the Immune System\nMicks Morvan (Immunologie\, Immunopathologie\, Immunothérapie-­Paris)\n \n10h30-11h00\nPause café\n \n11h00-12h00\nModélisation de la percolation multi­-échelle de la communication et des signaux : application au système immunitaire\nDominique Pastor (Telecom Bretagne\, Brest)\n \n12h00-13h30\nDéjeuner \n13h30-14h30\nEcosystèmes immunitaires artificiels\nPierre Parrend (UNISTRA\, Strasbourg) \n14h30-15h30\n« La méthodologie des « Systèmes Evolutifs à Mémoire » peut-­elle s’appliquer au système immunitaire ?\nAndrée Ehresmann (Université de Picardie Jules Verne) \n15h30-16h00\nPause café \n16h00-17h00\nModélisation de la dynamique des populations du système immunitaire par des langages graphiques équivalents aux ODE\nHugues Bersini (IRIDIA\, ULB\, Bruxelles) \n  \n\nOrganisateur et contact\nVéronique Thomas-Vaslin\nveronique.thomas-vaslin@upmc.fr \n  
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SUMMARY:Soutenance de thèse - Débruitage d'image en microscopie 3D par l'introduction de connaissance a-priori
DESCRIPTION:Mathieu Bouyrie soutiendra sa thèse sur  » le débruitage d’image en microscopie 3D par l’introduction de connaissance a-priori » le 29 novembre 2016 à 10h en salle ACTIA de l’AgroParisTech\, 16 rue claude Bernard\, 75005\, Paris. \nRésumé : \nCette thèse aborde la problématique de la restauration d’images 3D de noyaux cellulaires fluorescents issues de la microscopie 2-photons à balayage laser d’animaux observés in vivo et in toto au cours de leur développement embryonnaire. La dégradation originale de ces images provient des limitations des systèmes optiques\, du bruit intrinsèque des systèmes de détection ansi que de l’absorption et la diffusion de la lumière dans la profondeur des tissus. A la différence des propositions de « débruitage » de l’état de l’art\, nous proposons ici une méthode qui prend en compte les particularités des données biologiques. \nCette méthode\, adaptation à la troisième dimension d’un algorithme utilisé dans l’analyse d’image astronomique\, tire parti de connaissances a priori sur les images étudiées. Les hypothèses émises portent à la fois sur la détérioration du signal par un bruit supposé Mixe Poisson Gaussien (MPG) et sur la nature des objets observés. Nous traitons ici le cas de noyaux de cellules embryonnaires que nous supposons quasi sphériques. \nL’implémentation en 3D doit prendre en compte les dimensions de la grille d’échantillonnage de l’image. En effet ces dimensions ne sont pas identiques dans les trois directions de l’espace et un objet sphérique échantillonné sur cette grille perd cette caractéristique. Pour adapter notre méthode à une telle grille\, nous avons ré-interprété le processus de filtrage\, au coeur de la théorie originale\, comme un processus physique de diffusion.
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