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SUMMARY:Réunion du projet Magnificent7
DESCRIPTION:Réunion annuel du projet INRAE « Magnificent7 ». Modélisation d’Accompagnement pour une Gestion Nouvelle et Intégrée des Fongicides et herbicides: Innovation\, Conception collective et Exploration de Nouvelles Techniques. Nous proposons un cheminement visant à valoriser des recherches précédentes sous la forme de la conception d’un jeu pour la gestion territoriale des résistances aux fongicides et herbicides. Il s’agit de faire aboutir vers l’action le travail d’un collectif interdisciplinaire via d’une démarche de modélisation d’accompagnement de type ComMod Le jeu qui serait produit sera destinée à initier des apprentissages collectifs et une gestion collective multi-acteurs et à l’échelle du paysage\, des adventices et maladies fongiques dans les régions particulièrement confrontées aux résistances des bioagresseurs aux produits de protection des plantes. Ce cheminement s’articule en une combinaison d’actions : prestation d’un collaborateur appuyant notre équipe de recherche pour la conception du jeu et quelques missions de test de cet outil auprès de groupes d’agriculteurs et enfin retraites\, permettant de réunir le collectif interdisciplinaire de chercheurs ainsi que nos partenaires locaux pour réfléchir les modalités et attendus de ce jeu.
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SUMMARY:Réunion des réseaux MathNum
DESCRIPTION:Réunion des porteurs de réseaux MathNum- INRAE
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SUMMARY:Scientific retreat of the i3 lab
DESCRIPTION:The i3 lab general research aims at shedding light on the role of Tregs\, within a general « multidimensional immune balance »\, in the inflammatory/autoimmune diseases continuum (IADC) and to use this knowledge to improve diagnosis\, follow-up and treatment for these diseases. To adress this challenge\, the i3 lab developed a translational research approach based on assessing the complexity of the immune system using state-of-the art technologies together with innovative experiemental and computational modelling approaches. This event will be the ground for our future projects.
URL:https://iscpif.fr/evenements/scientific-retreat-of-the-i3-lab/
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SUMMARY:Réunion plénière du réseau E3GP3 et journée thématique
DESCRIPTION:Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes) regroupe des virologues\, bactériologistes\, mycologistes\, et nématologistes\, ainsi que des personnes travaillant sur les interactions plantes-pathogènes de différents organismes de recherche. L’objectif principal du réseau E3GP3 est de fédérer\, animer et coordonner les recherches de la communauté scientifique française travaillant sur la biologie évolutive des micro-organismes pathogènes de plantes\, et plus spécifiquement sur la démo-génétique de ces organismes dans les paysages agricoles et sylvicoles en adaptant les concepts de la biologie évolutive aux contextes de ces systèmes\, dans des milieux de niveaux d’anthropisation variables (agro-systèmes plus ou moins intensifs\, forêts\, milieux naturels). La complexité de ces systèmes est liée à l’imbrication de multiples échelles de temps\, d’espace et de processus évolutifs en interdépendance.\nLa réunion plénière du réseau est l’occasion de présentations orales et de discussions entre les membres
URL:https://iscpif.fr/evenements/reunion-pleniere-du-reseau-e3gp3-et-journee-thematique/
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SUMMARY:Formation Gargantext
DESCRIPTION:https://www.gargantext.org/
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SUMMARY:Soutenance de thèse : Génomique des sérotypes de Salmonella Mbandaka\, et Typhimurium et son variant monophasique\, dans les secteurs alimentaires laitier et porcin.
DESCRIPTION:Soutenance de thèse de Madeleine DE SOUSA VIOLANTE – INRAE MaIAGE équipe StatInfOmics\nLa thématique de ma thèse s’inscrit dans le contexte du contrôle sanitaire des aliments \, en particulier la surveillance des bactéries pathogènes Salmonella Mbandaka\, Salmonella Typhimurium et son variant monophasique\, qui sont endémiques dans les secteurs alimentaires laitier et porcin. Les approches de séquençage du génome entier\, utilisé pour l’épidémiologie et la lutte contre ces pathogènes suscitent l’intérêt des filières alimentaires concernées.\nCe projet de recherche a été proposé afin de mettre au point une méthode d’analyse génomique (ADN) holistique et de meilleure résolution\, notamment en prenant en compte le génome variable des bactéries\, qui est très souvent exclu des analyses malgré son signal phylogénétique\, et à comprendre les schémas évolutifs de Salmonella (adaptations à son milieu\, développements de résistance aux médicaments chez l’humain). De plus\, je travaille également sur la comparaison génomique à l’échelle d’une espèce à des fins d’identification de marqueurs.  \nCes travaux lient la recherche méthodologique et appliquée\, avec le développement de méthodes innovante sur l’analyse de pangénome d’espèces bactérienne\, et de son application à des cas d’infections sanitaire\, humaine ou animale. \nLien d’inscription : https://forms.gle/KeCBShPSay9TU2cN8
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SUMMARY:Gloria Polaire - compagnie de théâtre amateur
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SUMMARY:Commission Spécialisée Développements Instrumentaux Innovants
DESCRIPTION:Réunion des membres de la Commission spécialisée Développement Instrumentaux innovants organisé par l’INSU-CNRS.
URL:https://iscpif.fr/evenements/commission-specialisee-developpements-instrumentaux-innovants/
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SUMMARY:[INRAE/Work4Graph] Bootcamp Neo4J
DESCRIPTION:Nous proposons d’organiser un événement de type bootcamp/hackathon pendant 3 jours pour une vingtaine de participants maximum\, spécialisé sur la thématique de l’intégration et la visualisation de données en graphe\, en exploitant l’outillage autour de Neo4J et du RDF.\nNous appuierons davantage sur l’un ou l’autre des points ci-dessous selon les profils et motivations des participants qui s’inscriront à l’événement. Les objectifs principaux sont de :\n• partager les modélisations (génomiques\, systémiques\, …) afin de converger vers des pivots d’interopérabilité permettant de lier plus facilement les graphes produits dans les différents groupes\,\n• exploiter les résultats d’analyses statistiques produits par certains groupes\, pour intégrer les connaissances produites (au-delà des graphiques habituellement générés) avec les connaissances provenant d’autres graphes\,\n• partager et mettre en commun des portions de code permettant le traitement de fichiers de données biologiques et leur intégration sémantique\, en explorant notamment des outils d’intégration développés en externe (ie. dipper\, Data2Services\, …)\n• exploiter des outils d’analyses de graphes (ie. Neo4J Graph Data Sciences) afin d’inférer de nouvelles connaissances sur les graphes mis à disposition\,\n• développer des services d’interrogation et connecter des outils de visualisation (ie. Neo4J Browser\, Bloom\, …) sur les graphes générés\, en exploitant les API de Neo4J\,\n• exploiter et comparer les capacités de raisonnement des plateformes (par exemple extraction d’information ou création de relations ou typage)\, avec ou sans ontologie. \n  \nSite de la manifestation : https://work4graph.pages.mia.inra.fr/bootcamp-neo4j-2022/ \n 
URL:https://iscpif.fr/evenements/inrae-work4graph-bootcamp-neo4j/
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SUMMARY:Conseil des partenaires
DESCRIPTION:Conseil des partenaires en présentiel et en visio
URL:https://iscpif.fr/evenements/conseil-des-partenaires-8/
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SUMMARY:Réunion projet EVADE
DESCRIPTION:Réunion de projet pour la compréhension des systèmes complexes de la low tech
URL:https://iscpif.fr/evenements/reunion-projet-evade/
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SUMMARY:Entretiens de l'AFSCET : Catégorisation
DESCRIPTION:Entretiens de l’AFSCET sur le thème suivant :\nCatégorisation et IA\, vision du monde et action sur le monde. \nSite de la manifestation : http://afscet.asso.fr \n 
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SUMMARY:iReceptorPlus consortium: past and future
DESCRIPTION:iReceptor Plus consortium aimed to create a uniform and distributed system for data storage and analysis focused specifically on sequencing experiments of multimillion sequences of highly diverse and complex immune receptors expressed by B and T cells. Unlike other repositories of biological data already in existence (ELIXER\, IHEC etc.) the data being measured and stored for Adaptive Immune Receptor Repertoires sequencing data is in some sense quite simple. However\, because of the importance of B cells and T cells and their population diversity for health and disease the metadata surrounding these experiments can be quite diverse. We combined in this international consortium experts in data storage\, computational immunology\, clinical immunology and immunotherapy development. This transdiciplinary consortium based its work on various AIRR-seq data repositories which follow B cell and T cell populations found in Cancer\, Autoimmunity\, across multiple tissue types\, infection states and species. The associate metadata types are thus highly diverse\, including cell phenotype\, transcriptomics and clinical information\, and required a flexibility of characterization which calls for interaction with the existing ontological and metadata analysis attempts of the existing EU infrastructures (e.g.\, BBMRI-ERIC\, ELIXIR) and other on-going initiatives (e.g.\, International Consortium for Personalised Medicine\, European Open Science Cloud\, IHEC\, the french LabEx Transimmunom\, ….). This meeting marks the end of the first round and aims at envisionning the perspectives to foreseen funding and valorozation opportunities. \nSite de la manifestation : https://www.ireceptor-plus.com/ \n 
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DESCRIPTION:Atelier de rédaction sur un sujet collectif du département INRAE-TRANSFORM
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