JEDI Formation : LinkRBrain

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Date/Time
Date(s) - 10/12/2015
2:00 pm - 5:00 pm

Location
Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France

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Les JEDI (Journées d’entraînements pour les Docteurs et les Ingénieurs) sont des journées de formations thématiques sur des outils scientifiques.

Jeudi 10 Décembre: LinkRBrain

LinkRbrain est une plateforme d’intégration multi-échelle et multi-source de connaissance. Elle intègre des données cognitives/sensorimoteurs, génétiques, et anatomiques. La base des données cognitives est reconstituée à partir des méta-analyses automatisées de plus de 5000 articles publiés en imagerie cérébrale. Dans cette littérature sont exploités les titres, les résumés et tous les tableaux de pics d’activations cérébrales. Les données des expressions génétiques, sont calculés à partir de la base de données ouverte de Allen Institute. Enfin, les données anatomiques proviennent de l’intégration de l’Atlass de Talairach.

On peut ainsi sur un cerveau en 2D et en 3D :

1. projeter les zones qui correspondent aux 300 principales fonctions cognitives/sensorimotrices.

2. avoir une vue globale sur les interactions topographiques entre les différentes fonctions cognitives, et/ou expressions génétiques.

3. découvrir les gènes qui s’expriment le plus dans une région cérébrale activée par une tâche cognitive spécifique.

4. découvrir les tâches cognitives qui activent les régions cérébrales où un gène particulier s’exprime le plus.

5. Comparer ses propres résultats avec l’ensemble de la littérature de la neuroscience.

Dans le cadre de cette formation, je vous propose :

1. un tutorial d’utilisation de cette plate forme.

2. une exploration de la littérature scientifique d’une maladie neurodégénérative (exemple, alzheimer) et une comparaison de ces résultats avec la littérature sur le sujet sain via linkRbrain.

Intervenante: Salma Mesmoudi, Équipex Matrix, Paris 1, Sorbonne

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