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Annotation fonctionnelle et interprétation de données protéomique avec ProteoRE

14 March - 15 March

Avec la production accrue de données de protéomique à grande échelle (notamment par spectrométrie de masse), l’un des verrous porte désormais sur notre capacité à annoter et explorer ces longues listes de protéines en vue de leur interprétation biologique. ProteoRE (Proteomics Research Environment, http://www.proteore.org ) est une infrastructure centralisée disponible en ligne qui permet aux utilisateurs biologistes/cliniciens sans expérience de programmation, d’interpréter leurs données de protéomique de façon interactive, reproductible et collaborative. Construit sur l’environnement Galaxy, ProteoRE permet d’exécuter des outils d’annotation et de visualisation graphique, de construire et de partager des chaînes complètes d’analyse via des interfaces utilisateurs documentées.

Objectifs : les participants apprendront comment utiliser les fonctionnalités du site ProteoRE pour interpréter et manipuler des données de protéomique sur la base de deux études de cas réels: i. annotation du protéome d’un échantillon biologique ; ii. conception et mise en œuvre d’une stratégie de sélection de candidats biomarqueurs. L’accent sera mis principalement sur les aspects pratiques, des présentations sur les sources de données et les méthodologies d’annotation utilisées seront également faites. A l’issue de cette formation, les participants devront être capables de manipuler leur données (filtrage, comparaison croisée, conversion d’identifiants), d’annoter les protéines, de réaliser des analyses fonctionnelles (tests d’enrichissement, analyses en réseaux), de gérer, extraire et partager leurs résultats sous Galaxy à des fins de publication (textes, graphiques, workflow et historique).

Inscription :http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/proteore2019

 

Details

Start:
14 March
End:
15 March
Event Categories:
, , ,

Venue

ISC-PIF
113 rue Nationale
Paris, Paris 75013 France
Website:
www.iscpif.fr

Organizer

INRA
Website:
http://www.inra.fr

Details

Start:
14 March
End:
15 March
Event Categories:
, , ,

Venue

ISC-PIF
113 rue Nationale
Paris, Paris 75013 France
Website:
www.iscpif.fr

Organizer

INRA
Website:
http://www.inra.fr