Cartes des la connaissance
Lorsqu’une nouvelle variété de virus apparaît, un des premiers enjeux est d’arriver à synthétiser la masse de connaissances accumulée par la Science jusqu’alors sur des problématiques biologiques connexes.
C’est la raison pour laquelle avec l’équipe de l’ISC-PIF, nous avons réalisé ces cartographie de la connaissances de pans de littérature liés au coronavirus effectuées avec le logiciel Gargantext.
Cartographie de la recherche sur le coronavirus
Une première cartographie a été effectuée le 7 février 2020 sur une base de méta-données d’articles extraits de PubMed sur la période 2000-2020 (6560 articles). Elle recense quelques 2000 concepts liés au coronavirus et montre comment ils sont mis en relation dans la littérature. En particulier, on constate que les termes les plus fortement associés dans la carte dite “distributionnelle” avec les notion de anti-viral activity et anti-viral effect, sont la chloroquine et le Ch25h.
Une deuxième cartographie a été réalisée le 28 avril sur la littérature récente Covid-19 à partir de 7.200 articles publiés sur PubMed ces quatre derniers mois.
Ces cartes sont destinées avant tout aux professionnels de santé qui ont les connaissances pour l’interpréter et bénéficier de ses apports heuristiques. Elles peuvent néanmoins être utiles à toute personne souhaitant avoir un point de vue synthétique et un accès détails aux articles traitants des enjeux autour du coronavirus.
Ces deux cartes sont disponibles en version interactive permettant de naviguer et de lire les documents associés : carte Coronavirus 2000-Fev 2020 et carte Covid-19 2020
Cartographie de la recherche sur les antiviraux
Cette cartographie a été effectuée le 5 avril 2020 sur une base de méta-données de 16.970 articles extraits de PubMed sur la période 2000-2020. Elle recense quelques 1300 concepts liés autour des antiviraux et montre comment ils sont mis en relation dans la littérature.
Cette carte est destinée avant tout aux professionnels de santé qui ont les connaissances pour l’interpréter et bénéficier de ses apports heuristiques. Elle peut néanmoins être utile à toute personne souhaitant avoir un point de vue synthétique et un accès détails aux articles traitants des enjeux autour du coronavirus.
Pour plus de détails sur cette carte, consulter la version interactive.
Cartographie des recherches autour de la Chloroquine et Hydroxychloroquine
Suite à la polémique autour de ce médicament, nous avons cartographié 20 ans de recherche sur le sujet à partir des données disponibles sur PubMed. Cela permet de se rendre compte rapidement des effets positifs et des effets secondaires qui ont déjà été observé autour de ce médicament. En particulier, le terme le plus fortement associé dans la carte dite “ditributionnelle” à anti-viral activity est “human coronavirus“.
Cette carte est destinée avant tout aux professionnels de santé qui ont les connaissances pour l’interpréter et bénéficier de ses apports heuristiques. Elle peut néanmoins être utile à toute personne souhaitant avoir un point de vue synthétique et un accès détails aux articles traitants des enjeux autour de la chloroquine et de l’hydroxychloroquine.
Pour plus de détails sur cette carte, consulter la version interactive.
Observatoire des essais cliniques COVID-19
Plusieurs centaines d’essais cliniques sur le COVID ont été lancés en quelques semaines au niveau mondial. Les essais prévus/en cours/passés sont recensés par l’OMS et les médecins.
Le mise à disposition d’une vision synthétique de ces essais est primordiale pour la coordination de la communauté de recherche : explorer d’autres cibles thérapeutiques en évitant les études similaires.
C’est l’objectif de cette cartographie qui, à partir de fouille de données textuelles sur les meta-données de ces essais permet de voir d’un seul coup d’œil l’ensemble des pistes explorées par les essais cliniques en cours et passés, les combinaisons de traitements, leurs grands catégories et les résultats attendus ou observés. Cette visualisation pourra être mise à jour régulièrement si elle s’avère utile.
Cette étude a été réalisée avec le logiciel libre Gargantext et peut être reproduite/améliorée par tout un chacun,
