Notre consortium lance un programme de recherche ambitieux autour de la métagénomique virale. Cette discipline assez récente consiste à décrire l’ensemble des virus d’un écosystème, dans le but de comprendre leur impact sur leurs hôtes, que ceux-ci soient des bactéries, ou l’hôte animal ou végétal abritant la communauté bactérienne. La métagénomique virale a permis de constater que les virus infectant les bactéries (ou phages) forment un monde complexe par leur diversité. Face à celle-ci, la comparaison de communauté virales est ardue, car elle se borne en général à constater que chaque échantillon est différent des autres. Tant que leur classification taxonomique en restera à l’échelle du genre ou de l’espèce (comme actuellement), nous ne parviendrons pas à faire des comparaisons pertinentes. En effet, nous avons pu montrer récemment qu’à l’échelle supérieure de la famille ou de la classe, les phages avaient des propriétés homogènes (style de vie, hôte infecté). Le projet (ANR PRCI) vise à concevoir de nouveaux outils bio-informatiques adaptés à la tâche d’une recherche de « signaux faibles » mais robustes, permettant de rassembler systématiquement les phages à une échelle taxonomique supérieure au genre.