6 juin 2023, 14h30
ISC-PIF – Shaker Space Entrée 11 Place Nationale
Elisa Thébault
CNRS, IEES
Dynamique saisonnière des communautés de plantes et de pollinisateurs et leur réponse au changement climatique
Malgré les preuves que le réchauffement climatique modifie les phénologies des plantes et des pollinisateurs, une évaluation générale de ces changements et de leurs conséquences sur les assemblages d’espèces fait toujours défaut, en particulier pour les pollinisateurs. De plus, les traits phénologiques ont rarement été pris en compte dans les modèles de réseaux plantes-pollinisateurs, ce qui a entravé l’exploration des conséquences du réchauffement climatique et des changements phénologiques associés sur la structure et la dynamique saisonnières des réseaux plantes-pollinisateurs.
Pour accroître notre compréhension des conséquences des changements phénologiques sur la dynamique des réseaux plantes-pollinisateurs, nous avons analysé les changements phénologiques de plus de 2 000 espèces de visiteurs de fleurs en compilant une grande base de données d’occurrence des espèces de visiteurs de fleurs à travers l’Europe. En parallèle, nous avons développé un modèle de réseaux plantes-pollinisateurs explicitement structurés par des traits phénologiques et morphologiques, les deux types de traits étant des déterminants clés de la structure des réseaux mutualistes.
Lien visio :
https://cnrs.zoom.us/j/91295072436?pwd=OG1GSGF3RE12YWduMnZLellXbFZiQT09
Séminaires Passés
16 mai 2023, 16h00
ISC-PIF – Shaker Space Entrée 11 Place Nationale
Séminaire “Stochasticité de la traduction de l’ARNm en protéines et ses possibles conséquences sur la cellule et ses modèles.”
Alberto Vianelli
Biologiste et historien des sciences
Università dell’Insubria, Varese, Italie
Depuis leur démonstration expérimentale en 2002, les phénomènes stochastiques dans l’expression génique ont été étudiés uniquement pour l’ « étape » de la transcription de l’ADN en ARN. En fait, l’étape suivante (en ne considérant pas pour le moment celle de la maturation du produit de la transcription), à dire la traduction des ARN messagers en protéines par les ribosomes a toujours été conçue comme un processus plus mécanique comme le nom même semble l’indiquer. Pourtant, l’existence de situations dans lesquelles un seul « gène », (dans la majorité des cas un seul transcrit, i.e. un seul ARNm), pouvait amener à la production de plus d’une protéine (contrairement à ce qui était classiquement conçu depuis 1941) est connue depuis 1976, grâce au séquençage du premier génome (celui d’un virus de dimensions réduites, fc174). Très souvent, les deux (même trois, plus rarement) « protéines alternatives », en étant produites par deux cadres de « lecture », sont très différentes en termes de séquence et de propriété physico-chimiques. Pensés exister pour décennies (avec une exception notable) seulement dans les virus, ces « gènes chevauchants » sont en réalité ubiquitaires, même si plus difficiles à caractériser dans les organismes avec génomes plus grands. Très récemment (2019) la nature stochastique de la sélection, de la part du ribosome, du site de démarrage de la traduction (START), qui est à la racine du phénomène des gènes chevauchants, a été démontrée. Sur ces bases (existence, propriétés, stochasticité), je propose de reconsidérer ces phénomènes en grande partie pas comme un bruit (« noise » est le mot présent dans la littérature) ou des erreurs, mais comme pleinement partie de l’éventail des comportements des cellules en différentes conditions et donc à en tenir compte dans la modélisation.
Le séminaire sera en mode hybride :
https://cnrs.zoom.us/j/93668290867?pwd=UzZLdFpvdjMxWU5lTHJCQmZERmZXUT09
18 avril 2023, 15h
ISC-PIF – Salle 1.1
Vers une compréhension multi-échelle des symptômes neurologiques du covid19
Salma Mesmoudi
Chercheuse résidente à l’ISC-PIF
Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne
Au fur et à mesure que la pandémie de COVID-19 se développe, de nombreux symptômes neurologiques apparaissent. La littérature rapporte de plus en plus de manifestations du SRAS-CoV-2 liées à des céphalées, des vertiges, des troubles de la conscience, des troubles cognitifs et des troubles moteurs. De plus, l’infection par le SRAS-CoV-2 peut avoir un impact neurologique durable. L’ACE2/TMPRSS2 est le principal point d’entrée dans les cellules pour certaines souches de coronavirus, dont le SRAS-CoV-2, qui l’utilise pour cibler le système nerveux central.
L’objectif de cette étude est de caractériser l’étendue de l’impact complexe potentiel d’une infection par le SRAS-CoV-2 dans le cerveau. Elle concerne différentes échelles : l’échelle topographique, cognitive, sensorimotrice, et génétique. Nous avons recherché quelles fonctions cognitives et sensorimotrices sont associées aux régions du cerveau où ACE2/TMPRSS2 sont surexprimés, en supposant qu’elles pourraient être particulièrement affectées par l’infection. L’exploration a aussi concerné les gènes surexprimés dans les mêmes régions. Les résultats de cette exploration ont confirmé les déficits cognitifs déjà observés.
En raison d’un problème technique nous ne pouvons pas fournir la vidéo du séminaire synchronisée avec les slides.
Il est possible néanmoins de visionner les slides via ce lien :
4 avril 2023, 16h
ISC-PIF – Salle 1.1 – 1er étage
(l’entrée est au 113 Rue Nationale)
Le CNRS et l’ISC-PIF promeuvent l’utilisation du langage de programmation Haskell par l’organisation de séminaires et de workshops.
Dans ce cadre, l’ISC-PIF a le plaisir d’accueillir Andres Löh, expert du langage de programmation Haskell, utilisé à l’ISC-PIF pour le développement de la plateforme GarganText.
Andres Löh
Abstract
Haskell is a functional programming language with an extremely strong static type system. While originally primarily an academic language, it is also increasingly being used in industry and is also an inspiration for many other languages. Haskell is ideally suited to writing programs at a high (or self-chosen) level of abstractions, and due to the guarantees of the type systems allows prototyping and refactoring with confidence.
In this talk, we will provide a brief introduction to Haskell, with a particular focus on one rather unique aspect of the language: the way that side effects in Haskell are encapsulated and that side-effecting programs are distinguished from “pure” programs by the type system. We will look at a few examples and discuss the implications and advantages of this design decision.
About the speaker
Andres Löh is a Haskell consultant and co-owner of Well-Typed LLP. He is based in Regensburg, Germany. He started using Haskell in 1997, when being an undergraduate student of mathematics in Konstanz, and has been an enthusiastic functional programmer ever since. Andres obtained a PhD in Computer Science from Utrecht University in 2004, on extending the Haskell language with capabilities for datatype-generic programming. After having been a university lecturer for several years, he joined Well-Typed in 2010.
Andres is very interested in applying functional programming to real-world problems, and in particular in datatype-generic programming, domain-specific languages, (dependent) type systems, parallel and concurrent programming, and the theory of version control.
En raison d’un problème technique nous ne pouvons pas fournir la vidéo du séminaire synchronisée avec les slides.
Il est possible néanmoins de visionner les slides via ce lien :
30 mars 2023, 14h
ISC-PIF – Salle 1.1 – 1er étage
(l’entrée est au 113 Rue Nationale)
Agir sans être d’accord sur tout : un apport de la théorie de la Viabilité pour la gestion durable de l’environnement.
Isabelle Alvarez
Chercheuse associée à l’ISC-PIF
INRAE
La gestion durable de l’environnement implique des acteurs dont les intérêts et les points de vue peuvent être différents. En cas de désaccord sur les processus à l’œuvre, il est courant de chercher d’abord à les préciser, pour arriver à un consensus sur l’analyse de la situation, avant de rechercher des solutions. La théorie de la viabilité, en particulier la viabilité garantie, permet de rechercher des actions qui conviennent à tous sans nécessiter préalablement un accord sur le modèle. Cette méthode suppose que les porteurs d’enjeu sont capables de définir les états de l’environnement qui ne sont pas souhaitables, et qu’ils ont un modèle de l’évolution de cet état. Les différences de points de vue engendrent des incertitudes sur la modélisation, que la viabilité garantie est capable de prendre en compte.
17 janvier 2023, 15h
Unification des systèmes de représentation du nombre et représentation logarithmique : l’exemple du Mundurucu
Pierre Pica
Institut du Cerveau UFRN & CNRS et en résidence à l’ISC-PIF
Alberto Tonda, UMR 518 MIA-PS, INRAE, Université Paris-Saclay
Pierre Pica, Institut du Cerveau, UFRN, Natal & Institut des Systèmes Complexes, Paris
Le système numérique du Mundurucu qui n’a de nombre que jusqu’à 4 ou 5 a fait l’objet d’études intensives mettant en jeu l’interaction du système approximatif (ANS) (Pica & al (2004)) avec au moins un autre système de représentation du nombre (Feigenson & al (2004)).
Réexaminant le résultat de ces travaux à la lumière d’une étude de l’expression de la quantité en Mundurucu, nous montrons que ces deux systèmes peuvent être unifiés et que l’absence de nombre au-dessus de 3-4 en Mundurucu peut être dérivée de propriétés générales (et universelles) liées à la représentation logarithmique du nombre et de la quantité dans l’esprit/cerveau (Dehaene & al (2008), (Whalen & al (2016)).
Nous soulignons en guise de conclusions que ce type de représentation est très général (Pica & al (2018a), (2018b)) et présentons les avantages de notre analyse pour l’étude des espaces conceptuels dans le cadre de la psychologie mathématique et des sciences cognitives.
Références :
Dehaene, S, V Izard, E Spelke & P Pica Log or Linear? (2008) Distinct Intuitions of the Number Scale in Western and Amazonian Indigene Cultures, Science 330.
Feigenson, L, S Dehaene & E Spelke (2004) Core systems of Number, Trends in Cognitive Science 8.7
Pica,P, C Lemer, V Izard & S Dehaene (2004) Exact and Approximate Arithmetic in an Amazonian Indigene Group, Science 306
Pica, P, S. Dehaene, V Izard, J.Rooryck E. Spelke, A. Tonda & J Saw, (2018.a) Mundurucu terms with Arithmetical, Geometrical and Spatial Content 1. Classifiers
Pica, P, S. Dehaene, V Izard, J.Rooryck E. Spelke, A. Tonda & J Saw, (2018.b) Mundurucu terms with Arithmetical, Geometrical and Spatial Content 2. Spatial Vocabulary.
Whalen, J, C.R Gallistel, & R Gelman (2016) Non-Verbal Counting in humans: the Psycho-physics of Number Representation, Psychological Science.
Il est possible de soutenir la population de Mundurucu à travers ce lien :
https://www.gofundme.com/f/call-for-solidarity-with-jairo-and-his-village
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