Soutenance de thèse de Madeleine DE SOUSA VIOLANTE – INRAE MaIAGE équipe StatInfOmics
La thématique de ma thèse s’inscrit dans le contexte du contrôle sanitaire des aliments , en particulier la surveillance des bactéries pathogènes Salmonella Mbandaka, Salmonella Typhimurium et son variant monophasique, qui sont endémiques dans les secteurs alimentaires laitier et porcin. Les approches de séquençage du génome entier, utilisé pour l’épidémiologie et la lutte contre ces pathogènes suscitent l’intérêt des filières alimentaires concernées.
Ce projet de recherche a été proposé afin de mettre au point une méthode d’analyse génomique (ADN) holistique et de meilleure résolution, notamment en prenant en compte le génome variable des bactéries, qui est très souvent exclu des analyses malgré son signal phylogénétique, et à comprendre les schémas évolutifs de Salmonella (adaptations à son milieu, développements de résistance aux médicaments chez l’humain). De plus, je travaille également sur la comparaison génomique à l’échelle d’une espèce à des fins d’identification de marqueurs.

Ces travaux lient la recherche méthodologique et appliquée, avec le développement de méthodes innovante sur l’analyse de pangénome d’espèces bactérienne, et de son application à des cas d’infections sanitaire, humaine ou animale.

Lien d’inscription : https://forms.gle/KeCBShPSay9TU2cN8